Υπάρχει και μια πολύ καλή βιβλιοθήκη για ανάγνωση/γράψιμο word,excel,powerpoint, κτλ και για Java, η Apache POI (
http://poi.apache.org/).
Την είχα χρησιμοποιήσει όταν ήμουν ακόμα αρχάριος σε java και ακόμα και τότε δε μου είχε φανεί δύσκολη.
Πάντως σίγουρα έχει πολλές δυνατότητες (νομίζω μπορείς να φτιάξεις ως και γραφήματα στο excel μέσω της βιβλιοθήκης), θα βρεις και εύκολα αρκετά έτοιμα παραδείγματα ψάχνοντας στο google.
Οπότε κατασκευάζοντας με ένα συγκεκριμένο template τα excel αρχεία σου (π.χ. η τιμή που θέλεις να διαβάζεις να είναι πάντα στο κελί A3, και να γράφεις στο πρώτο κελί της στήλης G που υπάρχει διαθέσιμο) θα μπορέσεις αρκετά εύκολα να κάνεις τη δουλειά σου.
Τώρα βέβαια φαντάζομαι ότι και σε γλώσσες της Microsoft(visual basic, c++, c#) θα είναι αρκετά εύκολο αφού υπάρχει καλύτερο integration με τα δικά της προϊόντα άρα και με το Excel.